Cá sấu Dương Tử đang đứng trước nguy cơ đe dọa tuyệt chủng. Trước đây loài này bị săn bắt để lấy da, thịt và làm đồ lưu niệm. Ngày nay việc săn bắt bất hợp pháp vẫn tiếp tục diễn ra. Một nguyên nhân khác là phá hủy môi trường sống. Cá sấu Dương Tử được đưa vào sách đỏ của Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế từ năm 1982. Các sản phẩm từ Cá sấu Dương Tử được nêu trong danh sách của CITES, việc trao đổi buôn bán bị cấm. Trên thế giới hiện còn khoảng 120 cá thể loài này trong tự nhiên. Tại Trung Quốc đã diễn ra thử nghiệm nhân giống Cá sấu Dương Tử tại Trung tâm nhân giống. Vào tháng 12 năm 2008 có 111 cá thể Cá sấu Dương Tử được nuôi tại 40 vườn thú trên thế giới phục vụ cho mục đích khoa học.